生質能是全球蘊含量最豐富的自然資源，最大的價值在於可循環利用，兼顧經濟與永續，是相當值得發展的再生能源。1986年工研院及與台糖公司共同建置國內第一座沼氣發電示範工廠，同年亦研發「果菜廢棄物厭氧發酵技術」，以廢棄果菜發酵產生沼氣；2013年研發「近無碳損纖維素生質丁醇」技術，隔年衍生成立鼎唐能源新創公司，推動臺灣生質能科技的輸出。2017年臺灣養豬業走向循環經濟的時代來臨，工研院在農委會支持下成立「沼氣發電推動辦公室」，以「生質能及農業綠電共構技術」，於2018年達成創造臺灣250萬頭豬隻投入沼氣再利用（發電）的歷史目標，在亞洲養豬業中取得領先，2019年發電總裝置容量達到4.7 MW，每年減少近5萬噸碳排量。

2018年再與荷蘭應用科學研究組織(TNO)旗下的荷蘭能源研究中心(ECN)合作，開發觸媒氣化技術，將生質廢棄物轉換為潔淨的生質燃料；2019年工研院攜手卜蜂集團，於雲林麥寮建置全臺首座國產「濕式厭氧發酵技術」沼氣發電示範模廠，以示範模場中2,000頭的豬隻飼養規模，年產電24萬度，不僅解決豬隻排泄造成的環境問題，還能變身有價值的生質能源。

同年，工研院也研發出「木質素解聚產醣技術」。「解聚」是將固體纖維素水解成葡萄糖，而半纖維素水解可生成木糖和其他稀有醣類，產生的醣類則成為生質燃料與化學品的重要原料，可再透過化學或生物製程，將農業廢棄物，如搾完油的油棕果轉化為木糖醇、胺基酸，或乙醇燃料等高價值產品，該技術已技轉馬來西亞棕櫚油業者，建立能源與化學品的永續原料供應鏈，將可創造更龐大的生質能新商機。