傳染病為當今重要的國際議題，2003年嚴重急性呼吸道症候群(SARS)爆發，工研院承政府高層指示，緊急在國軍松山醫院完成全國第一座抗SARS全功能醫院，短短兩周打造120間負壓隔離病房，同時在全台協助設計監造驗收超出600間負壓隔離病房，建構醫療防護網，同年發表「SARS病患飛沫捕集器」使第一線的醫護人員及住院病患降低感染機率。

2019年COVID -19全球疫情蔓延，工研院也以科技能量從預防、診斷、治療、後疫情四階段，協助打造科技防疫網，守護國人健康。在預防階段，工研院參與口罩國家隊，協助口罩設備大廠在短短一周內上線擴充產能，運用國產原料，開發醫用口罩中間層的熔噴聚丙烯材料，積極突圍國外技術壟斷限制，開創臺灣自製口罩供應鏈契機；為篩檢發燒患者，推出「熱影像體溫異常偵測技術」，結合AI人工智慧應用於門禁管制，導入運用於經濟部、澎湖醫院、台積電等上百家機構，協助防疫機制更完善。

在疾病檢測與診斷階段，2020年工研院研發出「iPMx分子快速檢驗系統」，40分鐘即可完成核酸檢測，2022年在日本全國展開販售；2020年研發全臺首座正壓採檢亭，為第一線醫療人員打造更安全採檢環境，隔年疫情突然增溫之際，攜手廠商在兩個月內全臺布建近200座；在治療階段，為降低染疫死亡率，工研院僅用了17天便完成臺灣製造的第一台醫療級呼吸器原型機，2021年技轉和碩，完善防疫戰線。

進入後疫情時代，疫苗是防疫重要物資，工研院協助基龍米克斯生技公司打造GMP核酸製造廠，預計未來每年可提供1,280萬劑佐劑，滿足國內疫苗廠需求。隨著國內外逐漸解封，工研院首創「COVID-19 線上視訊快篩數位認證服務」平台，協助民眾迅速即時取得快篩證明。在疫情期間，工研院展現出「Taiwan Helps, ITRI Helps」的精神，給予社會實質上的支援。