無人機應用範圍廣，各行各業都可藉由無人機的協助更加省時省力，是產業、救災和物流應用的重要載具。工研院看準商用無人機市場，致力於提升無人機的續航力及載重能力，2016年完成全球首套跨越洲陸操作之「無人機隊管理系統」，透過4G LTE，讓操控者在美國遠距遙控臺灣無人機隊；2018年與內政部警政署合作研發，「電信操控無人機隊解決方案」，讓無人機化身空中警車的核心系統，提升維安成效；與台灣高鐵合作「無人機橋梁巡查系統」，可精準掌握橋梁結構與損壞狀態，守護大眾運輸安全；2019年研發的「高負載高續航無人機」，採智慧噴灑系統，已應用於苗栗縣銅鑼杭菊、新北茶園的農藥噴灑，也導入智慧農業應用，協助屏東枋寮農會評估芒果運送，果園到包裝場直運，提升作業效率，獲CES 2019創新獎、2020杜拜國際無人機競賽多旋翼組冠軍(Drone X Challenge 2020)等多項國際獎項。

無人機搭配5G通訊，還能提供虛實整合的競技賽事，2020年工研院攜手仁寶電腦、臺灣無人機產業聯盟等單位舉辦「5G MR競技無人機大賽」，是全球首場結合數位無線圖傳，並首次採用虛實障礙賽道的競技無人機比賽，藉此推動從營運、供應、設備製造到服務的完整產業鏈，使臺灣無人機技術進軍國際市場。

工研院也推出「燃料電池無人機」，具長航時優異特性，已成功完成一系列跨海及高山救援驗證，為國內首架取得跨海、高山及長距離飛行大於80公里的特種實體檢驗合格之無人機。2022年工研院與中光電智能機器人、中興電工、新普科技等10家產研機構，籌組「燃料電池與無人機整合聯盟」，強化國內燃料電池與長航時無人機技術實力，提升產業競爭力。