個人電腦發展的另一波高潮就是筆記型電腦，因其體積小、重量輕，需要更精細的製作與設計能力，為了協助臺灣電腦廠商儘速突破此一門檻，1990年工研院與46家廠商一同成立「筆記型電腦聯盟」，建立產業標準分工，在聯盟成立後一年內開發出筆記型電腦，並在國際電腦展中大放異彩，讓國際看到臺灣的製造能力。爾後雖然聯盟解散，各家公司開始自行研發，但聯盟的人才擴散效益仍間接把技術傳播開來，為臺灣筆記型電腦發展的播種者。

此外，工研院建立筆電供應鏈亦有所貢獻，1997年開發微熱管之充填技術及封裝技術，協助超眾公司建立國內第一條全自動化之微熱管生產線，並協助該公司進行筆記型電腦散熱模組之模擬分析及設計，成為國內最大筆記型電腦散熱模組之供應廠商，供應量超過國內需求量之25%。2008年以專利合作模式，讓售本院相關專利予宏碁，讓其成功在美國反訴惠普科技的侵權訴訟案，雙方達成和解，奠定宏碁在美國市場發展基礎，順利布局全球市場。從聯盟、零組件、到智財專利，工研院始終與產業同行，讓臺灣筆記型電腦市占率名列前茅。2009年北市電腦公會推了「資通訊產業專利互惠聯盟」，理事長王振堂表示該聯盟的目的，在於借重工研院的資源，幫助臺灣資通訊廠商在面臨國際競爭對手以專利問題打壓時，能夠及早因應。